Madeleine Schuppli studierte Kunstgeschichte an den Universitäten Genf, Hamburg und Zürich und absolvierte einen Master of Advanced Studies in Kulturmanagement an der Universität Basel. Zunächst als Ausstellungsassistentin an verschiedenen Museen in der Schweiz und Deutschland tätig, wurde sie 1996 Kuratorin der Kunsthalle Basel. Von 2000 bis 2007 wirkte sie als Direktorin für das Kunstmuseum Thun. Madeleine Schuppli war von 2007 bis 2020 Direktorin des Aargauer Kunsthauses, wo sie zahlreiche Gruppen- und Einzelausstellungen realisierte u.a. mit Fiona Tan, Christian Marclay, Mark Wallinger, Miriam Cahn und Sophie Taeuber-Arp. 2009 initiierte sie die innovative Ausstellungsreihe für junge Kunst CARAVAN zur Förderung aufstrebender Schweizer Kunstschaffenden. Ausserdem verantwortet sie eine aktive Sammlungspolitik mit Fokus auf zeitgenössische Werke Schweizer Kunst und eine dialogische Präsentation der Bestände. Seit Februar 2020 ist sie als Leiterin Visuelle Künste bei Pro Helvetia verantwortlich. Madeleine Schuppli war von 2007 bis 2015 Expertin für die visuellen Künste bei der Fondation Nestlé pour l’Art.